助航标志 大山岭，位于钦州湾口东侧的陆地上，高100米，是近岸最高的突出山峰，甚为显著，能见度良好时，距其20海里即可见到，是引导船舶航行和识别钦州湾航道的良好目标。
蝴蝶岭，位于钦州湾西航道入口钦州港W1号灯浮西北方约6.5海里处，是一高26米的孤立小岛，明显易认，能见度良好时，距其10海里即可见到该岛，是准确测定船位、确定进港航向的良好目标。
天堂角灯桩，位于蝴蝶岭东北偏东约1.8海里处，圆柱形混凝土桩身，灯高35米，射程8海里。由于周围树木较高及结构原因，白天距其3海里也难以发现，但夜间距其7海里即可见到该灯桩，是夜间引导船舶航行和识别钦州湾西航道的良好目标。
青菜头岛灯桩，位于钦州湾内中部一孤立的小岛上，西航道东侧，白色圆柱形混凝土桩身，是船舶在西航道内航行和转向的重要目标。
白云岭，位于青菜头岛灯桩西南方约2.5海里处的一突出山峰，高60米，能见度良好时，距10海里即可见到该山，是引导船舶从钦州湾西航道进入钦州港的良好目标。
小鸦石灯桩，位于青菜头岛灯桩西北方约1.3海里处，白色方形混凝土桩身，灯高5.8米，并设有左侧标志，是船舶航行的重要助航目标。大庙墩，位于大山岭南偏西方约2.2海里处的岸边，是一孤立小岛，高20米，其上设有灯塔，附设雷达应答器。能见度良好时，距其10海里即可见到，是船舶昼夜进出钦州湾东航道和识别钦州
湾西航道的良好目标
大、细三墩，位于钦州湾东航道与钦州湾东岸之间，大三墩高29米，细三墩高20米，能见度良好时，距其10海里即可见到，是准确测定船位，确定进港航向的良好目标。
急水独石灯桩，位于大三墩(29)东北方约1.5海里处，圆柱形混凝土桩身，外贴白色瓷砖响水石灯桩，位于小鸦石灯桩北西北方约3海里处的小岛上，白色方形石砌桩身，顶标为绿色锥形，与其西北亚公山上的后标组成测速引导标，方位322°52，是船舶从龙门港区东航道进出龙门港区内航道及进行测速的重要助航标志。
东瓜石灯桩，位于响水石灯桩西南约1.2链处，白色方形石砌桩身，为船舶进出龙门港区的重要助航标志。
大、小门墩灯桩，位于挡门石灯桩以北，航道左右两侧，白色方形石砌桩身，顶标分别为红色罐形和绿色锥形。
鸡心石灯桩，位于龙门港区航道中间，白色方形石砌桩身，顶标为红色罐形，是船舶在该航道航行的重要助航目标。
白角石灯桩，位于龙门港区东部，红色圆柱形混凝土桩身，顶标为红色罐形，是船舶从龙门港区东航道进出的重要助航标志。
钦州湾东航道，港外检疫锚地布设1座灯浮，航道口门布置2座灯浮，南段航道以1海里间距左右对称布设双灯浮，中段、内港航段以布置单灯浮为主，局部航段布置对称灯浮，间距为1海里~1.5海里。
钦州湾西航道，航道以1海里间距左右对标布设双灯浮。
另外，在进港航道两侧及港区设有娥眉月石、西海江礁、海印礁和大海公礁等灯桩，在大风江港区又新增多处灯浮标，是船舶昼、夜进出港口的良好助航标志。
航行障碍物钦州港W4号灯浮西西北方0.7海里处有一概位沉船(2006)，同在西方约1.15海里处有一沉船(2011)(21°32'17”N、108°32'40”E)，正坐沉没，低潮时露出水面。
西填海石，位于钦州港W5号灯浮东北侧约7链处，水深1.1米、直径约1链。伞顶沙，位于W9号灯浮西侧1链处，为一东西长约1.7海里、南北最宽0.8海里的干出沙滩。
其附近多养殖区，航行须注意。伞顶沙北方2海里、大红排航道东侧(21°36'42”N、108°35'10”E)有一不明碍航物，水深4.4米。
外沙石，位于伞顶沙正北约2.7海里处，为一干出3.1米的礁石。在该礁石东方2链处有一水深2米的暗礁。
羊奶石，位于外沙石北方约3.5链处、航道西侧，为一干出3.1米的礁石。在该礁石东方1链处有一水深0.3米的暗礁；东偏南方3.8链处、W16号灯浮东南侧有一处水深4.6米的浅点。
羊奶石东北方7链处，航道东侧有大红排礁、小红排礁、红排栏礁和大、小母猪石等礁石，分别干出约0.9米~4.6米。大母猪石西偏北方1链、W18号灯浮东方1链处有一危险浅水区(21°39'19”N、108°35'06”E)，水深4.2米~4.5米；北偏东方3.8链处有一水深0.4米的暗礁(21°39'41”N、108°35'18”E)。
W17号~W21号灯浮之间，航道两侧多浅滩、礁石，距离航道较近，船舶需谨慎航行。西海江礁灯桩周围有浅滩和干出礁。
太坪石，位于西海江礁灯桩南方约6链处，为一干出0.6米的礁石，周围有几处点礁，干出0.1米~0.6米，水深小于5米的浅滩自太坪石伸向航道边缘。
三块石，位于西海江礁西北5.5链处，为一干出礁。
青菜头岛灯桩西方1.8链处有一4.8米的危险水深；南偏西2链处有几块干出0.4米~3.4米的礁石；西南0.6海里处、航道西侧有一浅点3.2米(21°41'24”N、108°35'30”E)；西南0.3海里处有一处水深为2米的暗礁(21°41'28”N、108°35'50”E)。
钦州港3号内锚地西侧有一浅水区，最小水深2.2米，底质为石。
自东航道10号灯浮起至青菜头岛，航道两侧多浅滩和礁石，航行时需小心。
小扭鸡礁，位于东航道13号灯浮标东北方1海里处，水深2.4米，大扭鸡礁位于小扭鸡礁东方3.7链处，干出0.3米~0.9米。
大庙墩北方陆岸有岩石滩延伸，附近有数处干出礁和浅点；大庙墩礁盘向外延伸2链~5链
大三墩礁脉向东北延伸至坪墩灯桩，长1.5海里，宽100米~400米，低潮时露出水面。填海石，位于钦州湾东航道20号灯浮处，其上水深0.5米~1米。
钦州港码头以南1.8链~6.7链水域范围内礁石众多，水深极浅，船舶不可靠近。此外，在M1号灯浮东侧2.5链处还有多处危险礁石，水深0.4米~0.8米。
竹把栏，水深0.5米，位于M1号灯浮东南方6.5链处，性质为石。
红沙栏，为大红沙岛西南方3.3链处的水下礁脉，呈东南一西北走向，延伸约0.3海里，其上干出0.1米，礁脉上水深0.3米~4.4米。
钦州港设有2处抛泥区，一处位于西海江礁灯桩东侧；另有一处位于钦州湾西航道入口W2号灯浮西偏北约8链处，船舶航行时须注意。
航道目前船舶由外海进入钦州湾内主要利用钦州湾东、西两条航道。
西航道，位于钦州湾湾口西侧，由W1号灯浮至簕沟作业区，分成象骨沙航道、大红排航道、青菜头航道和龙门航道4段，是一条疏浚航道，能满足万吨级船舶乘潮进港要求。航道底宽95米~110米，设计通航水深9.6米，浚深6.6米，航道全长24.4千米(13.2海里)。
东航道，位于钦州湾东侧，已经在原3万吨级航道的基础上扩建为10万吨级航道，整条航道包括4个航段，依次为南段航段、三墩航段、大榄坪航段、果鹰航段，起于钦州湾口，止于果子山作业区簕沟河口，全长30.7千米(16.5海里)，航道助航设备齐全，三墩航段底宽190米，其余航段底宽160米。设计船型为10万吨级散杂货船，设计水深13.0米，乘潮水位3.65米，历时3.6小时，保证率80%。
龙门航道(龙门港区东航道)，介于青菜头岛与炮台角岛之间，长7.4千米，最窄处位于响水石和东瓜石两灯桩之间，宽仅160米。航道大部分已成为钦州湾东航道的一部分。现炮台角岛北侧设有灯浮1座，响水石、东瓜石各有灯桩1座，可保证船舶昼夜进出。
龙门港区西航道，自青菜头岛北方至大门墩，长约5.6千米，航道最窄处约300米，水深2.3米~13米，沙泥及部分岩石底。该航道上设有小鸦石、挡门石、大门墩、小门墩灯桩及灯浮，可保证船舶昼夜航行。但大门墩与小门墩之间宽仅40米且潮流较急，航行时应注意。
龙门港区内港航道，自大门墩至炮台角岛，长约3000米，宽一般50米~150米，最窄处位于水产码头附近，宽仅36米，最浅处水深2.8米，沙泥及石底，助航设备齐全，可保证船舶昼夜进出和靠离码头。但因内港航道狭窄，船舶不宜在港内掉头，故涨潮时船舶应从东北口进入，落潮时则应从西南口进入，以便靠码头。
大风江航道，大风江位于钦州湾东方，在大风江进口段除口门的拦门沙外水深5米水槽全程贯通，该拦门沙水深为1米~2米，长度在4千米左右。大风江航道目前为自然航道，进口段设有灯浮标3座，能满足千吨级以下船舶通航。
那丽港区、东场港点现使用大风江传统自然航道，至那丽港区段可通航500吨~1000吨级船舶，内段至东场港点可通航300吨~500吨级船舶，目前航政设施简陋；沙坪港点现使用白沙河航道，通航等级为300吨~500吨级。
沙井航道，航道全长约8.2千米，500吨级船舶乘潮可进出沙井港。
簕沟航道，为2000吨级单向航道，水深3.5米。
此外，钦州港域在建有金鼓江航道。